植物检疫的根本目的是：防止外地的检疫性有害生物传入本地造成危害，防止本地的检疫性有害生物扩散蔓延，保护农业生产安全，服务于植物、植物产品贸易。其重要行表现在以下几个方面：
第一、植物检疫是农业生产安全的保障。通过开展检疫，确保引种和调运植物、植物产品的安全，防止了检疫性有害生物的传播蔓延，保护了广大未发生区的安全；通过开展发生区的防治灭杀，有效遏制了检疫性有害生物的发生和危害。
第二、植物检疫是农产品对外贸易安全的保障。近年来，植物检疫机构与其他相关部门加强合作，不断提升我国植物检疫安全水平，确保出口农产品符合进口国家的植物检疫要求，突破了一些国家的检疫技术壁垒，确保了我国农产品的顺利出口。
第三、植物检疫是生态安全的保障。通过预防和控制检疫性有害生物的传播蔓延，避免了检疫性有害生物对未发生区植被的危害，减少了农药等的使用，对生态环境的保护有重要的作用。